my.cnfに「innodb_data_file_path=ibdata1:1G:autoextend」を設定したら、起動しなくなった件。
この設定自体は、ibdata1を1GBで用意して、足りなくなったらibdata2とかを作成し自動拡張するというもの。
で、すでにmysqlを起動している場合、ibdata1が1GBじゃないサイズで作成されていて、そのファイルとのサイズ不一致で起動してこなくなるみたい。
このサイトとかを見ると、ファイルダンプ→ibdata再作成→リストアといった方法をとっているのだけど、結局うまくいかず。。。
http://www.ilovex.co.jp/blog/system/projectandsystemdevelopment/mycnfinnodbmysql.html
なので、mysqlのインストール前から、/etc/my.cnfをセットした状態でインストールしてみたらいけました。