NTFS形式にしておけば、オールOKという感じだと思う。

種類 説明
FAT(File Allocatio Table) ・FAT 最大4GBのボリューム、2GBのファイルまで
・FAT32 最大2TBのボリューム、4GBのファイル
・exFAT フラッシュドライブ向けのファイルシステムで32GB以上に対応ユーザーやグループごとのアクセス許可設定や暗号化はできない。
非推奨で、レガシーな技術。
NTFS(NT File System) Windows Serverで使用される標準なファイルシステム。
以下がサポートされ、FAT形式ではできない
・ファイル、フォルダの暗号化
・ファイル、フォルダの圧縮
・ユーザー、グループへのアクセス許可設定
・ディスククォータ
・ブロック単位での重複除去
ReFS(Resilient File System) Windows Server 2012から実装されたファイルシステム。
データセンターでの使用を想定し、NTFSとの互換性を持ち、以下の特徴がある。
・PBサイズのデータへの対応
・停電、電源障害時のデータ損失からの復旧
・データ損失時にオンラインでデータ修復可能制限事項もある
・ブートボリュームに使用することはできない
・NTFSの特徴である、暗号化、圧縮、ディスククォータ、データ重複除去などの機能をサポートしない

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