自宅の検証環境でインストールしなおしたので、インストール手順を振り返ってみるよ。
Skype for Business Serverのインストール条件として
・ドメイン参加サーバであること
・証明書を発行してもらう必要がある(ActiveDirectory証明書サービスを使う)
なので、環境としては2種類のサーバをWindows Server 2016で作るよ
・AD、証明機関サーバ
・Skype for Business Server(Standard Edition)
ADは構築済、参加済と前提で書いていくよ。
まずは、ADサーバに証明機関をインストールするところを。
ウィザードに従って、役割「ActiveDirectory証明書サービス」をインストール
「証明機関」を選択 
「証明機関」を選択 
「エンタープライズCA」を選択 
「ルートCA」を選択 
これで、プライベート認証局サーバが出来上がりです。