Copy-PNPFileコマンドを使います
-Confilmオプションが機能しないようで、強制上書きなどは-forceオプションを指定すると確認メッセージが出力されずに実行できます
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Copy-PnPFile -Confirm:$false -SourceUrl 'Shared Documents/Document/test/Book.xlsx' -TargetUrl 'Shared Documents/Document/test/' -OverwriteIfAlreadyExists -Force |