ずっと/var/log/messegesにしか種強くできないものかと思ってた。。。
ちゃんとプライオリティ、ファシリティを指定してあげることで狙ったログを出力することができるよ。

logger -p <プライオリティ>.<ファシリティ> "メッセージ内容"
# ファシリティsyslog、プライオリティerror、メッセージ内容testで出力
[root@KVM ~]# logger -p syslog.error "test"
[root@KVM ~]# tail -1 /var/log/messages
May  3 01:22:06 KVM root: test

これで指定してあげてね。

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